Evidence Based Case Report: Akurasi Metode RT-LAMP Dibandingkan dengan RT-PCR dalam Penegakan Diagnosis Covid-19
DOI:
https://doi.org/10.70294/jimu.v3i04.1056Kata Kunci:
Coronavirus, SARS-CoV-2, COVID-19, Realtime Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction, Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification, Sensitivity, Specificity & AccuracyAbstrak
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) adalah virus penyebab coronavirus disease 19 (COVID-19) yang pertama kali diidentifikasi di Wuhan, China pada Desember 2019. Virus ini dilaporkan sebagai varian dari virus corona yang menyebabkan wabah severe acute respiratory syndrome (SARS) pada tahun 2002-2003. SARS-CoV-2 menyebabkan infeksi saluran nafas pada manusia, dengan gejala yang umum ditemukan adalah demam, batuk kering, rasa lelah dan sesak nafas. Gejala mulai dari yang ringan hingga berat, bahkan ada yang berakhir dengan kematian. Waktu penularan yang cepat, menjadikan penyakit ini menyebar dengan cepat di seluruh dunia, sehingga diumumkan oleh WHO sebagai pandemi. Oleh karenanya, menegakkan diagnosis etiologis COVID-19 secara akurat dan cepat menjadi kebutuhan utama dalam menghadapi pandemi ini, guna tatalaksana terhadap penderita dan pencegahan penyebaran yang lebih luas. Metode deteksi virus SARS-CoV-2 yang dianjurkan oleh WHO adalah pemeriksaan molekuler dengan metode real-time Reverse Transcriptase PCR. Metode tersebut sudah dikerjakan di beberapa laboratorium rujukan untuk diagnosis COVID-19. Meskipun demikian, jumlah antrian sampel sangat banyak di laboratorium rujukan yang gratis, sementara laboratorium rumah sakit swasta dapat cepat keluar hasil dengan harga cukup mahal. Oleh karena itu diperlukan metode pemeriksaan seperti RT-LAMP yang hasilnya cepat dan harganya terjangkau. Akurasi pemeriksaan RT-LAMP dalam menegakkan diagnosis COVID-19 dibandingkan dengan metode RT-PCR. Penelusuran artikel dilakukan di pangkalan data Pubmed dan Scopus. Skrining artikel dilakukan oleh tiga peneliti, menggunakan kriteria inklusi dan eksklusi, mengecek kelengkapan artikel, serta membaca isinya secara keseluruhan untuk mendapatkan artikel yang sesuai dan dapat menjawab pertanyaan klinis yang diajukan. Dari hasil penelusuran, didapatkan sebelas artikel yang memenuhi kriteria eligibilitas. Sebelas artikel tersebut memiliki hasil yang serupa untuk spesifisitas RT-LAMP terhadap RT-PCR, namun beberapa artikel memiliki hasil sensitivitas yang bervariasi tergantung metode pengaplikasian uji diagnostik RT-LAMP. Secara keseluruhan, spesifisitas deteksi SARS-CoV-2 dengan RT-LAMP memiliki angka yang cukup baik, yaitu sekitar 80%-100%, sedangkan sensitivitas uji diagnostik RT-LAMP 70 – 100%. Berdasarkan hasil telaah kritis, kami merekomendasikan uji diagnostik RTLAMP sebagai alternatif tes konfirmasi untuk infeksi COVID-19 yang lebih cepat, mudah dikerjakan dan lebih murah.
Unduhan
Referensi
Zhou P, et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020;579:1–4.
World Health Organization. Coronavirus disease (COVID-2019) situation report. 2020. Available at: https://covid19.who.int/. Accessed 21 September 2020.
Satuan Tugas Penanganan COVID-19. Peta Sebaran COVID-19. 2020. Available at: https://covid19.go.id/peta-sebaran/. Accessed 21 September 2020.
Kemenkes RI. Agustus 2020 PEDOMAN TATALAKSANA COVID-19. 2020.
Touma M. COVID-19: molecular diagnostics overview. J Mol Med. 2020;98:947–54.
Udugama, Buddhisha, et al. Diagnosing COVID-19: The Disease and Tools for Detection. American Chemical Society-ACS Nano. 2020.
Lamb LE, Bartolone SN, Ward E, Chancellor MB. Rapid detection of novel coronavirus/Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) by reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification. PLoS One. 2020;15:1–15.
Huang WE, Lim B, Hsu CC, Xiong D, Wu W, Yu Y, et al. RT-LAMP for rapid diagnosis of coronavirus SARS-CoV-2. Microb Biotechnol. 2020;13:950–61.
Kitagawa Y, Orihara Y, Kawamura R, Imai K, Sakai J, Tarumoto N, et al. Evaluation of rapid diagnosis of novel coronavirus disease (COVID-19) using loop-mediated isothermal amplification. J Clin Virol. 2020;129.
Rohaim MA, Clayton E, Sahin I, Vilela J, Khalifa ME, Al-Natour MQ, et al. Artificial intelligence-assisted loop mediated isothermal amplification (AI-LAMP) for rapid detection of SARS-CoV-2. Viruses. 2020;12.
Ben-Assa N, Naddaf R, Gefen T, Capucha T, Hajjo H, Mandelbaum N, et al. Direct on-the-spot detection of SARS-CoV-2 in patients. Exp Biol Med. 2020;245:1187–93.
Chow FWN, Chan TTY, Tam AR, Zhao S, Yao W, Fung J, et al. A rapid, simple, inexpensive, and mobile colorimetric assay covid-19-lamp for mass on-site screening of covid-19. Int J Mol Sci. 2020;21:1–10.
Eckel F, Küsters F, Drossel B, Konert M, Mattes H, Schopf S. VariplexTM test system fails to reliably detect SARS-CoV-2 directly from respiratory samples without RNA extraction. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2020;8–12.
Jiang M, Pan W, Arasthfer A, Fang W, Ling L, Fang H, et al. Development and Validation of a Rapid, Single-Step Reverse Transcriptase Loop-Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) System Potentially to Be Used for Reliable and HighThroughput Screening of COVID-19. Front Cell Infect Microbiol. 2020;10:1–6.
Yan C, Cui J, Huang L, Du B, Chen L, Xue G, et al. Rapid and visual detection of 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2) by a reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay. Clin Microbiol Infect. 2020;26:773–9.
Lu R, Wu X, Wan Z, Li Y, Jin X, Zhang C. A novel reverse transcription loopmediated isothermal amplification method for rapid detection of sars-cov-2. Int J Mol Sci. 2020;21.
Baek YH, Um J, Antigua KJC, Park JH, Kim Y, Oh S, et al. Development of a reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification as a rapid early-detection method for novel SARS-CoV-2. Emerg Microbes Infect. 2020;9:998–1007.